In der Diözesankonferenz sitzen Vertreter/innen aller Mitgliedsverbände. Die Konferenz berät alle Angelegenheiten, die ausschließlich die Mitgliedsverbände betreffen. Dazu gehört zum Beispiel die Festlegung des Stimmenschlüssels für die Mitgliedsverbände zur Diözesanversammlung. Geleitet wird auch diese Konferenz von einem Präsidium, das auch die Tagesordnung bestimmt und zur Versammlung einlädt. Das Präsidium wird von der Konferenz gewählt, ihm gehören mindestens drei Personen an.

Diese Konferenz behandelt alle Themen, die ausschließlich die mittlere Ebene des BDKJ betreffen. Sie wird von einem Präsidium aus bis zu drei Mitgliedern geleitet. Mitglieder der Konferenz sind Vertreterinnen und Vertreter der Stadt- und Kreisverbände (SKV).